Gaussian インプットファイルの例

Gaussian のインプットファイルの例をまとめます。

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## LanL2DZ を使用する

/genecp を指定し、座標の後に使用する基底関数系を指定します。以下の例では Pd に LanL2DZ を、それ以外には 6-31G(d) を適用します。
最後の2行は ECP に LanL2DZ を適用することを指定しています。

lanl2dz.gjf
# opt b3lyp/genecp pseudo=read

Title

0 1
 Pd   *.****    *.****    *.****
 C    *.****    *.****    *.****
 N    *.****    *.****    *.****
 H    *.****    *.****    *.****
 .    ......    ......    ......
 .    ......    ......    ......
 .    ......    ......    ......

Pd 0
lanl2dz
****
C H N 0
6-31g(d)
****

Pd 0
lanl2dz

## TD-DFT 計算を実行する

td=(nstat=N) を使用します。

td-dft.gjf
# td=(nstat=8) b3lyp/6-31g(d)

Title

0 1
 C    *.****    *.****    *.****
 H    *.****    *.****    *.****
 H    *.****    *.****    *.****
 .    ......    ......    ......
 .    ......    ......    ......
 .    ......    ......    ......

## 二面角を変化させながらスキャンする

opt=modredundant オプションを利用し、座標のあとに以下の1行を追加します。

opt=modredundant
[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] [[+=]value] S nsteps stepsize [[min] max]]
dihedral.gjf
# opt=modredundant b3lyp/6-31g(d)

Title

0 1
 C    *.****    *.****    *.****
 H    *.****    *.****    *.****
 H    *.****    *.****    *.****
 .    ......    ......    ......
 .    ......    ......    ......
 .    ......    ......    ......

D 1 2 3 4 S 10 15.0000

## 参考

### HPC によるマニュアル

Opt | HPCシステムズ・計算化学ソリューション
Opt | HPCシステムズ・計算化学ソリューション favicon www.hpc.co.jp
Opt | HPCシステムズ・計算化学ソリューション

### その他の記事

Python による Scan 計算結果の後処理例が記載されています。

Gaussian の Scan 計算から結果を抽出する | yamnor.me
Gaussian の Scan 計算は、分子構造の一部(結合長、結合角、二面角など)を段階的に変化させながら、各ステップで構造最適化を行う計算方法です。これにより、異性化などの分子構造変化プロセスに伴うエネルギー変化を調べることができます。
Gaussian の Scan 計算から結果を抽出する | yamnor.me favicon yamnor.me
Gaussian の Scan 計算から結果を抽出する | yamnor.me

## アウトプットファイルの解析

### 計算が正常終了したか確認する

計算が正常終了したか確認する
$ tail filename.out
# > Normal termination of...

### 振動数計算の結果を表示する

振動数計算の結果を表示する
$ grep "Frequencies" filename.out

## GaussView を使う

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